Zeytinburnu'nda oynarken parladı ve Galatasaray ile Fenerbahçe onu transfer etmek için rekabete girdi. 1996/1997 sezonunda daha 16 yaşındayken Galatasaray'da kadroya girmeye başlamıştır. Her sezon biraz daha kendini göstererek A takımın ilk 11'inde yer buldu. Bu dönemde teknik direktörü Fatih Terim ile örnek aldığı takım arkadaşı Gheorghe Hagi sayesinde kendini çok geliştirdi. Takımının 4 sene üst üste şampiyon olmasında ve 2000 yılında UEFA Kupası'nı almasında büyük rol aldı.
Fenerbahçe SK, 31 Mayıs2008'de yaptığıu açıklamada, Newcastle United'la 2 yıllık sözleşmesi bulunan Emre Belözoğlu ile 3 yıllık anlaşma sağladıklarını açıkladı. Newcastle United'ın bonservis bedeli olarak 5 milyon Avro, Belözoğlu'nun da her yıl için 3.5 milyon Avro alacağı belirtildi.[1]